空间转录组测序

随着显微成像,质谱,测序以及数据分析等技术的快速进步,生命科学研究已经进入了多维度,高通量,高分辨率的时代。综合不同层次的数据信息能够为生命的过程与现象提供更加精确的解释并能够为生物医学的转化应用提供有力支撑。单细胞测序技术的广泛应用为我们提供了前所未有的细胞分辨率,在揭示细胞异质性的基础上为我们提供了丰富的生物医学信息。然而,单细胞测序技术未能提供单细胞在实际组织中的空间信息。这些空间信息通常包含细胞在组织中的特定位置以及与之相关的细胞生物学功能,细胞间相互作用等。为解决这些问题,新兴的空间生物学技术应运而生。通过将组织内的核酸,蛋白质以及代谢物等在空间位置映射的状态下提取分析,即可获得相应的空间生物学信息。空间转录组学即是对组织内的转录组进行空间水平的分析,能够揭示组织内不同位点的基因表达活性。其特点在于确定不同细胞亚群的同时保留了其空间位置,为细胞功能、表型和组织微环境中的位置关系提供了重要信息。空间转录组学在包括肿瘤发生学、免疫学、发育生物学、神经生物学、病理学等领域具有巨大的应用潜力。

产品介绍

10x Genomics Visium空间基因表达解决方案(Visium Spatial Gene Expression Solution)是一种用于从空间层面上解析组织内基因表达的技术。当冰冻组织切片附在空间转录组所使用的载片上时,带有空间位置barcode的标签引物会从对应位点的空间组织中捕获mRNA并进行反转录,之后得到的cDNA中就直接带有了空间位置信息的barcode。分析后续测序下机数据中的空间位置barcode信息,即可将组织中获取的mRNA信息映射到原有组织切片的位置,最终组合生成组织样品的空间转录组图像,获得组织完整的基因表达图谱。目前10x Genomics Visium能够适用于新鲜冷冻包埋的组织以及石蜡包埋组织两种类型,并且具有多组织兼容性。此外,10x Genomics Visium的工作流程模块化,能够在较短时间内获得组织内转录组的空间水平信息。



检测原理

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技术优秀

1. 适用于新鲜冷冻包埋组织以及石蜡包埋组织,能够兼容多种组织类型。

2. 工作流程模块化,能够在较短时间内获得组织内空间水平的基因表达信息。

3. 无偏检测基因表达,无需组织解离,保留组织结构及细胞微环境,鉴定异质性组织中的细胞类型,避免相关偏好性。

4. 分辨率高:实现基因表达数据与空间定位信息的结合,解析多种类型组织切片样本中基因表达谱。

5. 可用于挖掘新的组织生物标记物。




生信分析

标准分析

数据质控和过滤,拼接比对,细胞识别,降维聚类,差异基因筛选

高级分析

样品合并分析,细胞身份鉴定,Marker基因分析,细胞占比分析,富集分析,发育轨迹分析,细胞通讯分析,转录调控因子分析

   

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经典案例

  1. 肿瘤组织内免疫细胞的浸润性分析。

  2. 小鼠脑发育时序性分析。

  3. 干细胞的成熟与迁徙分析。




常见问题

培养液如何保存?如何寄送?
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多长时间出具报告?
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在培养液样本到达实验室的10个自然日内出具检测报告。
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