速递 | 最全白血病单细胞基因表达图谱新鲜出炉

日期: 2017-07-21
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       今天,基因组生物技术公司10x Genomics宣布,一项使用该公司的Chromium™Single Cell 3’平台的研究结果在《自然》子刊《Nature Communications》杂志上得以发表。这个与Fred Hutchinson癌症研究中心的研究人员合作的项目,使用强大的基因组测序技术获得了大批高质量单细胞表达测量,有助于发现基因表达动力学和单个细胞类型的分子谱系,题为“单一细胞的大规模平行数字转录谱分析(Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells)。


“早期的单细胞RNA测序方法对许多实验室来说是有挑战性的,包括我们自己。因此,我们与10x Genomics公司合作,帮助验证和定制其单细胞RNA测序平台,拓展单细胞转录组学在生物学基础研究和临床研究中的潜力,”该文的通讯作者、Fred Hutchinson癌症研究中心的Jason Bielas博士说道:“10x Genomics单细胞分析的速度、可重复性和高细胞捕获效率使我们能够准确地分析从那些经历过多轮化疗、移植调节和免疫抑制的急性骨髓性白血病患者中分离的脆性骨髓样品。”


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用于单细胞RNA测序的现有方法在扩展到数万或更多细胞的吞吐量时面临实际挑战。10x Genomics通过提供创新的基因组平台来改变测序的定义,从而显著升级现有测序技术的能力。这是通过新的微流体科学、化学和生物信息学的结合而实现的。当前基于实验平板的方法需要耗时的荧光激活细胞分选(FACS),必须单独处理的许多板块。基于微流体的平台利用细胞的机械捕获,但其吞吐量和细胞捕获效率受到限制。学术界的基于液滴的技术使得能够在单个实验中处理数万个细胞,但是不能有效地实施或缩放。公布的数据表明,Chromium Single Cell 3'解决方案可以解决单个测定中的这些缺点,具有高的细胞捕获效率和灵活的通量,从而为单细胞RNA测序提供更可扩展和更强大的平台


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为了演示Chromium Single Cell 3'解决方案平台的技术性能和应用,研究人员从29个样本中收集了大约25万个单细胞的转录组数据。结果显示该系统对单细胞RNA测序具有优越的可扩展性和高质性,具有与现有方法相当的灵敏度。该系统的快速细胞封装和高细胞捕获效率使得能够分析来自急性骨髓性白血病患者的珍贵临床样品。使用Chromium Single Cell 3'解决方案,研究人员在单细胞分辨率下确定宿主和供体嵌合现象,并比较移植前后患者的免疫细胞亚群变化。


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10x Genomics的联合创始人兼首席执行官Serge Saxonov博士(图片来源:10x Genomics官网


10x Genomics的联合创始人兼首席执行官Serge Saxonov博士说道:“当我们了解到Bielas博士和他的团队在使用10x平台时取得的成功,我们感到非常激动。这项发表的研究验证了我们的系统,并且突出了从快速和可扩展的单细胞分析可以获得崭新见解。我们期待更多的这类研究和对各种临床应用的潜在影响。”


单细胞RNA测序数据可从http://support.10xgenomics.com/single-cell/datasets获得。


参考资料:

[1] 10X Genomics Release: Company Announces Publication Of Study In Nature Communications Demonstrating Single Cell Profiling In Leukemia Patients By The Fred Hutchinson Cancer Research Center

[2] 10X Genomics官方主页


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