8月1日，BD公司钟星宇博士、许义松博士莅临序科码，指导Rhapsody多样品标记单细胞全转录组测序建库。此次实验共标记4个样品，上样4万个细胞。经过两天的辛勤实验，建库工作顺利完成，质检合格。这也标志着继10X Genomics、单细胞甲基化、单细胞CNV、单细胞ATAC-seq等之后，序科码单细胞阵营再添一员猛将！诺禾致源王忍、雷英彤、黄潇、林绍祥、李航宇，序科码张裕龙、李爽、龙钰垚、谢彩玲、双佩婷、李汶欣、林献威、刘智盛全程参与了实验。
BD Rhapsody
多样品标记单细胞全转录组测序建库可分为以下几个步骤：（1）样品标记；（2）单细胞分离、细胞裂解、mRNA及样品标签捕获；（3）逆转录、全转录组建库和样品标签建库。
1、样品标记
BD Rhapsody通过抗体连接一段带有poly A的samlple tag 单链DNA序列，将样品进行抗体孵育，wash 2-3次（降低背景噪音），随后带poly A的标签和mRNA一起被带有Poly T的磁珠捕获，可最多区分12个样品。
2、单细胞分离、细胞裂解、mRNA及样品标签捕获
Rhapsody利用微孔进行单细胞分离，属于Microwell-seq。超过20万个微孔的尺寸被设计成一个微孔恰好可以容纳一个bead（磁珠），bead上连接逆转录引物，引物主要包括以下三个部分：
（1）CL（cell label，细胞标签），一个磁珠上的引物CL序列相同，不同磁珠上的引物CL序列不同，从而达到区分细胞的作用；
（2）UMI（unique molecular identifier），一个磁珠上的引物UMI各不相同，可以区分最初的mRNA，去除扩增带来的偏差；
（3）poly dT，和mRNA及样品标签的poly A互补配对。
当微孔捕获到单细胞和磁珠以后，使用细胞裂解液，细胞裂解释放出mRNA，经孵育以后mRNA的poly A和磁珠上的poly T互补配对。最后使用磁铁回收磁珠，进行下一步的逆转录。
3、逆转录、全转录组建库和样品标签建库
回收磁珠以后进行逆转录，通过cDNA合成引入UMI和Cell Label，同一细胞来源的所有mRNA分子都被标记上相同的CL，同一细胞来源的不同mRNA分子都被标记上不同的UMI。由于逆转录酶同时具有DNA聚合酶活性，样品标签形成双链DNA并带上和细胞相同的CL。后续可以分开进行全转录组建库和样品标签建库。
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笔者 张裕龙
广州序科码
广州序科码致力于单细胞测序，美国科学院资深院士Dr.Sherman Weissman担任序科码首席科学顾问。公司现有单细胞 RNA 测序、单细胞ATAC-seq、单细胞CNV检测、单细胞甲基化测序、植入前胚胎基因检测、健康相关基因检测和测序数据的生物信息分析等七大服务平台。在单细胞测序方面提供从组织处理、建库、测序、到生信分析一条龙科研服务(广州序科码生物技术有限责任公司，www.SequMed.com)。
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