类别说明

技术简介:

       10X Genomics推出推出新一代的ChromiumTM,平台实现对Illumina平台的完美对接,超长的Linked-reads能够发现单体型细胞的动态基因表达,可以对高通量的数字基因表达的复杂细胞群进行深入分析。丰富和独特的Barcode标记,可同时获得数十万个单细胞转录组信息,通过表达谱追踪到单个细胞以避免单细胞的相关信号被体积平均测量所掩盖。更强大的效率,更广泛的运用,更低的成本使ChromiumTM成为现阶段单细胞测序最吸引人的


技术原理:

单细胞转录组测序方案


       10X GenomicsChromiumTM主要的技术原理是利用上百万独特的Barcode标记不同的微量级样品(长链DNA分子或者单细胞)。首先含有Barcode信息的Beads与样品、酶混合。通过微流体芯片的同时被油性分子包裹形成包含Beads、样品和酶的单独油滴,即GEMS(Gel Beads-In-Emulsions)。GEMS自身即是一个单独空间,每个GEMS有着独特的Barcode标记,,将这些GEMS的产物混合,然后可构建标准的测序文库。


技术优势:
1. 样本通量高:现阶段支持8样本的芯片,每个样本最终细胞获得量在1000-8000个,同时可获得上万个细胞的分析结果;
2. 项目周期短:一天内可实现对细胞悬液的单细胞捕获,扩增和建库;
3. 单细胞质量可控:通过Barcode和UMI的信息可以去除含多细胞的无效数据,加上GEM对多细胞的捕获率在0.6%/1000cells,实现高效的单细胞测序分析。
4. 成本大大降低:相较于老牌的C1(Fluidigm),待推出BioRad Single Cell Solution或手工挑选扩增方法,10X对细胞大小要求更少,单个细胞建库的价格更低。


应用案例:


Direct determination of diploid genome sequences

Weisenfeld NI et al. Genome Res. 2017 May;27(5):757-767. doi: 10.1101/gr.214874.116. PMID: 28381613.


Single-Cell transcriptome sequencing of 18,787 human induced pluripotent stem cells identifies differentially primed subpopulations

Nguyen Q et al. 2017 Mar 22; Pre-print*.








 


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